一、改善生态环境：栽培房棚要选择在近河流、空气流畅、四周宽阔、远离禽畜饲养场、酿造厂及生活区、医院，至少3000米以外。场地采取翻土、晒白、灌水等措施，取代农药消毒；水源水质清净无污染，严禁污水喷菇、浸洗。
二、提倡生物防治：培养料配制可采用植物抑霉剂和植物农药。如中药材紫苏、菊科植物除虫菊、酯类农药，木本油料植物菜籽饼，均可制成植物农药杀虫、治螨。利用天敌灭害，如养猫咬鼠。目前国外研究应用昆虫寄生线虫，防治蘑菇害虫和眼影蚊及苍蝇等。还可以采用壮菇抑虫，从菌种选育，培养料配比，堆料发酵，接种发菌，出菇管理各个严格把关，减少病虫害，育壮菇体增强自身抗病抵害能力。此外还可以采取特异性菇类轮间作，如竹荪有一股浓香味，蚊虫闻而生畏，采用菇、荪交替轮作也有利防虫。
三、实行物理防治：运用光、线、气消毒杀菌。接种室、发菌室、超净工作台等。采用30W紫外线照射消毒杀菌；也可采用电子臭氧灭菌器消毒杀菌。栽培房采用黑光灯诱杀菇蚊、蝇、叶蝉等昆虫。菇房(棚)门窗安装防虫网、纱窗等。
四、严格科学用药：坚持“以防为主”，在确定需要使用化学农药时，必须选用高效低毒，低残留的药剂。如敌百虫、辛硫磷、克螨特、锐劲特、甲基托布津、甲霜灵等。用药期间，应在没出菇或每批菇采收后进行，并注意少量、局部施用，防止扩大污染。严禁在长菇期喷洒农药，禁止在菇类生产过程使用甲胺磷、甲基1605、1059、久效磷、水胺硫磷，杀虫脒、氧化乐果、毒杀酚等一切汞制农药及其他高毒、高残留等农药。
五、把好产品加工：食用菌产品常因加工过程引起含硫量超标，为此必须全面推广精密度好的机械进行脱水烘干。银耳推广应用白色菌株，并积极扩大本加工产品上市。运用新科技改变银耳熏磺加工环节，优化产品质量。菇品包装必须符合国家卫生标准。GB7096－－86干食用菌卫生标准，GB7097－－86鲜食用菌卫生标准，及GB9691－－88食品包装卫生标准。
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